I prodotti biologici in Italia sono garantiti da organismi di certificazione autorizzati dal Ministero per le Politiche Agricole e Forestali. In Italia gli Organismi di certificazione autorizzati sono 10 e ciascun Organismo deve certificare che sia applicato quanto prevede la normativa Europea e le successive modifiche

Il Regolamento CE 2092/91 prevede l’espresso divieto di utilizzare qualsiasi OGM dichiarando che gli organismi geneticamente modificati "non sono compatibili con i metodi di produzione biologici" e motivando la scelta "per conservare la fiducia del consumatore".
In base alla normativa Europea i soli alimenti sicuramente privi di ingredienti provenienti da manipolazione genetica sono quelli biologici e quelli per l’infanzia.

I prodotti biologici si ottengono con metodi sostenibili per l'ambiente. Da uno studio condotto dalla SDA Bocconi risulta che l'impatto ambientale del biologico sia da 29 a 40 volte inferiore a quello dei convenzionali sistemi di produzione

Il Regolamento CE 2092/91 disciplina le norme di produzione biologica su tutti i paesi aderenti alla Unione Europea in cui ne hanno libera circolazione.
Per i prodotti biologici provenienti da Paesi extracomunitari è in vigore un sistema di certificazione volto a garantire al consumatore che il prodotto abbia le stesse caratteristiche di quello ottenuto con l'applicazione delle norme valide per i Paesi della Unione Europea (Reg. CE 2092/91 art. 11), ovvero che sia prodotto e controllato in "regime di equivalenza". L'elenco dei Paesi extracomunitari che producono in regime di equivalenza è stabilito da una specifica Commissione Comunitaria.

La differenza è giustificata dai maggiori costi che si hanno in campagna, dal sostenere tecniche produttive che si focalizzano più sulla qualità che sulla quantità, dai fertilizzanti e le sostanze naturali per la difesa che costano più di quelli chimici di sintesi, dalla maggiore manodopera, per non parlare dei costi di certificazione e di controllo. Inoltre la dimensione del mercato porta ad alti costi di distribuzione e logistica.